创新服务业的运行机制是市场化的。创新服务业通过供求机制、价格机制、竞争机制和风险机制，在市场中自由竞争和自由交换，从而实现创新资源的有效配置。它属于中观层次的产业概念，不同于国民经济分类中的科技服务业，后者是宏观概念，既包括市场机制的服务业，也包括非市场机制的公共服务业；而创新服务业只包括市场机制的服务业，而不包括非市场机制的公共服务业。非市场化的基础研究活动、公益研究活动，如数理化天地生等基础科学研究，气象、地震、海洋、测绘、地质勘察等公益性研究，是由政府提供的，虽然包括在国民经济统计的科技服务业中，但却不包括在创新服务业中。

创新服务业涵盖创新的全过程。创新服务业包括科技中介机构，但比科技中介机构宽泛。后者仅位于创新链的中段，主要是科技成果转化、转移等服务；而前者则涵盖整个创新链，既包括中段，也包括前端的设计、研发服务和后端的基础技术服务和技术改造服务。由于所处创新链的位置不同，我们可以把创新服务业细分为如下六个行业：

设计服务行业。包括创意设计、视觉传达设计、工业设计、工程勘察设计、建筑与环境设计、规划设计等服务。

研发服务行业。包括基础技术研发、共性技术研发、专有技术研发以及工艺技术改进等服务。

创业服务行业。包括物业、人力资源、投融资等围绕企业孵化而开展的服务组合。

知识产权服务行业。包括知识产权商业化、技术转移、技术交易等服务。

基础技术服务行业。包括信息服务、检测服务、认证服务、标准服务等。

技术改造服务业。包括合同能源服务、信息化建设服务、设备改进服务等。